Il peut être difficile, sur la base des symptômes cliniques, de distinguer la maladie à virus Marburg d’autres pathologies comme le paludisme, la fièvre typhoïde, la shigellose, le choléra et d’autres fièvres virales hémorragiques. On confirmera que les symptômes sont provoqués par une infection à virus Marburg à l’aide des méthodes diagnostiques ci-après :
Les tests ELISA (Antigen-Capture Enzyme-Linked Immunosorbent Assay), la PCR et l’ELISA de capture d’IgM peuvent être utilisés pour confirmer un cas de MVD dans les quelques jours suivant l’apparition des symptômes. L’isolement du virus peut également être effectué, mais ne doit être effectué que dans un laboratoire à haut confinement avec de bonnes pratiques de laboratoire. L’ELISA de capture d’IgG est approprié pour tester les personnes plus tard au cours de la maladie ou après la guérison. Chez les patients décédés, l’immunohistochimie, l’isolement du virus ou la PCR d’échantillons de sang ou de tissus peuvent être utilisés pour diagnostiquer rétrospectivement la MVD.
Les échantillons prélevés sur les patients présentent un danger biologique extrême. Les tests en laboratoires réalisés sur des échantillons qui n’ont pas été inactivés doivent se faire dans des conditions maximales de confinement biologique. Tous les échantillons biologiques doivent être protégés dans un triple emballage lors de leur transport dans le pays et vers l’étranger.